কাস্টমস, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, যশোর এর অধিক্ষেত্রাধীন ১০ টি বিভাগের মধ্যে কাস্টমস, এক্সাইজ ও ভ্যাট বিভাগ, মেহেরপুর অন্যতম। মেহেরপুর জেলার ভৌগোলিক ও প্রশাসনিক এলাকা এর অন্তর্ভুক্ত। এই বিভাগের অধিক্ষেত্রাধীন দুটি সার্কেল যথাঃ- মেহেরপুর সার্কেল- ১ ও মেহেরপুর সার্কেল- ২ এর মাধ্যমে মাঠ পর্যায়ে রজস্ব আহরণ কার্যক্রম পরিচালিত হয়। এই বিভাগের প্রধান বিভাগীয় কর্মকর্তা । সরকারের রাজস্ব আহরণে এই বিভাগ গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে চলছে। এই বিভাগের অফিসটি স্টেড়িয়াম পাড়া, মেহেরপুর সদর, মেহেরপুর এ অবস্থিত।